Matthias Werner arbeitete nach seinem Architekturstudium als Bühnenbildassistent an der Schaubühne am Lehniner Platz Berlin, am Theater Nordhausen und am Saarländischen Staatstheater Saarbrücken. Seit 2004 entwirft er eigene Bühnenbilder und Kostüme und arbeitete u. a. mit Anna Bergmann (Leonce und Lena am Schauspielhaus Bochum und Madame Butterfly am Staatstheater Oldenburg), Helena Waldmann (Crash in Budapest), Jan Neumann (Amazonas am Maxim Gorki Theater Berlin, Frey am Schauspiel Stuttgart, eingeladen zum Heidelberger Stückemarkt 2012) sowie Hendrik Müller (Mass am Theater an der Wien und Cardasfürstin in Schwerin). Daneben entwirft er Szenenbilder für Filmproduktionen.